Boj o elektronickou evidenci tržeb pokračuje i dlouho poté, co zákon nabyl účinnosti. Dne 15.12.2017 totiž rozhodoval Ústavní soud o stížnosti skupiny poslanců, kteří namítali jeho protiústavnost.
Dle Ústavního soudu zákon sám o sobě protiústavní není a evidence tržeb jako taková může být legitimním prostředkem zajištění řádného plnění daňových povinností. Přesto však shledal, že v některých dílčích ustanoveních již zákonodárce meze ústavnosti překročil, a proto přistoupil k jejich zrušení.
První zásadní změnou je zrušení povinnosti evidovat platby z bezhotovostních převodů prováděných platebními kartami, protože tyto jsou jednoduše dohledatelné prostřednictvím systémů dané banky a jejich evidence je tak nadbytečná. Tato povinnost poplatníkům odpadne dne 28.2.2018.
Druhou zásadní změnou je zrušení „náběhu“ třetí a čtvrté vlny EET, která měla začít v březnu, resp. červnu 2018. Dle soudu stát dostatečně nezvážil dopady na podnikatelské prostředí. Podnikatelé, kteří do těchto skupin spadají, si tak mohou prozatím „oddychnout“, a to až do doby, než zákonodárce tuto otázku v zákoně nově upraví tak, aby již odpovídala požadavkům ústavnosti. Kvůli tomuto bodu bylo Ústavnímu soudu vytknuto, že do podnikatelského prostředí naopak vnáší nejistotu – například ze strany podnikatelů, kteří se již na EET připravili.
Od března letošního roku se také nebude na účtenkách uvádět DIČ. Touto povinností měli být dotčeni živnostníci ve svém právu na soukromí – jejich DIČ totiž obsahuje rodné číslo.
Poslední změna má pro poplatníky význam spíše nepřímý. Zákon původně obsahoval ustanovení umožňující vládě některé tržby přesunout do zjednodušeného režimu, či určité tržby z evidence tržeb vyloučit, aniž by současně blíže stanovil podmínky, za kterých vláda takto smí postupovat. Tak široké zmocnění nelze ovšem vládě přiznat. Ústavní soud uvedl, že „musí být primárně definováno zákonem, na koho povinnost evidence dopadá a v jakém rozsahu“.